vectornti軟件（jiàn）下（xià）載-vector nti軟件10.3 免費版【使用（yòng）教（jiāo）程（chéng）】

vectornti軟件教程

一、VectorNTI

作為VectorNTISuite的核心組成部分，它可以在各種分子生物學研究項目的全過程中提供數據組織、編輯（jí）和分析支持。

（一）對分子序列的操作

www.17c.com以一個DNA序列為例，進行一（yī）係列的常規分析；最後將此DNA序列翻譯成氨基（jī）酸序列，並對此氨基酸序列（liè）進行各種分析。

A，DNA序列為豬生長激素的cDNA序列，長為761bp。首先（xiān）使用VectorNTI的CreateNew命

令將此序列導入到VectorNTI的數據庫中：

1，第一種（zhǒng）方法：如果隻知道序列（liè）時，點擊Molecule才（cái）菜單中的CreateNew——UsingSequenceEditor（DNA/RNA……）；

2，在出現的“NewDNA/RNAMolecule”對話框中，首先在General填入導入序列的名稱——PGH；

3，在DNA/RNAMolecule活頁（yè）中，選（xuǎn）中LinearDNA，Animal/otherEukaryotes，RepliconType中選Chromosome；

4，Description中（zhōng）填入：S.ScrofaGrowthhormonemRNA;

5，在（zài）SequenceandMaps中點擊“EditSequence”按鈕（niǔ），將（jiāng）DNA序列複製（zhì）後，點（diǎn）“Paste”按鈕-點“OK”－確認後（hòu）就可以完（wán）成序（xù）列導（dǎo）入。

B，如果是一個從GenBank上下載的序列文件，則：點擊“Molecule”菜單-Open-Moleculefiles命（mìng）令，找到序列文件，在Fileformat中選（xuǎn）中GenBankFiles；點擊OK。

（二）常規操作：

當序列導（dǎo）入完成後，在（zài）桌麵出現三個窗（chuāng）口，上左側的（de）窗口中顯示的是該（gāi）序列的常規信息，上右側窗口則以圖形的格式展示序列（liè）的（de）特征區及酶切圖譜等。下麵一個窗（chuāng）口顯示的是序列：默認狀態（tài）下以（yǐ）雙鏈形式出現，也可以更改為單鏈顯示。

1．選（xuǎn）擇序列區域：在圖形區域（yù）或序列區域直（zhí）接拖動鼠標左鍵，同時在最下端的狀態欄中顯示

出所選區域的範圍。

2．刪除：選中後直接（jiē）點擊鍵盤上的Delete鍵，確認後即可（kě）刪除。

3．選中序列片段後，點擊Edit菜單（dān），用其中的命令可以完成對此片段的剪切、複製、刪除、定義為新的特（tè）征區和用其它序列（liè）來代替等。

4．當點在其一（yī）特定位置時，www.17c.com也可以在此位置（zhì）插入新的序列：Edit–New–InsertSequenceas

5．當（dāng）希望序（xù）列顯示單鏈時（shí），點擊View–ShowBothStrands

（三）常規分析：

1．設計PCRSequencePrimer,Hybridization,Probes：

選中設計引物的模板區或點擊Analyze中的相應命令即可。

需要注意的（de）是，在設計前，首先得將序列存入數據庫中，具體設計由於www.17c.com推薦使用Oligo，所

以此處不詳述。

2．序列基本信息分析：

選中序列區段後，選Analyze–OligoAnalysis,在OligoAnalysis對（duì）話框中，點擊Analyze按鈕（niǔ），即可得到分子量、GC含量、Tm值（zhí）、3‘端的自由能、回文結構及重複序（xù）列等基本信（xìn）息。

3．酶切圖譜分析

點擊Analyze菜單中RestrictionSites命令，出現“RestrictionMapSetup”對話框（kuàng），點擊Add按鈕，填入需要分析的位點，不需要的位點夜可以選中後點Remove按鈕移除。為了顯示正確，www.17c.com可以設定超過一定位點數量的酶不顯示，可以限定分析的（de）區（qū）域等。點擊OK後程序自動完成（chéng）酶切分析。

4．Motif查找

點擊（jī）Analyze菜單中的Motifs命令，在出現的（de）MotifsSetup對話框中www.17c.com（men）可以添加（jiā）新的Oligo或從OligoDatabase和OligoList中選（xuǎn）取；選中後點擊OK按（àn）鈕，程序（xù）完成Motif的查找，同（tóng）時（shí）給出（chū）相似性的百分比。

5．ORF查（chá）找

點擊Analyze菜單中的ORF命令，在出（chū）現的ORFSetup對（duì）話框（kuàng）中，填入ORF的最小（xiǎo）長度（多（duō）少個密碼子）以及其它一些設定後點擊OK，程序自動完成（chéng）ORF的查找。

6．翻譯

翻譯前選（xuǎn）中一個ORF或一個區域，這裏www.17c.com希望把pGHcDNA基因完全翻（fān）譯成蛋白質，因此選中最長的一個ORF（7－657bp）。點擊Analyze菜單中的Translate命令中的“IntoNewProtein”-“DirectStrand”,在出現的“NewProteinMolecule”對（duì）話框中給出新蛋白質的名稱後點擊確定，程序完成翻（fān）譯並打開一個（gè）新的窗口，顯示氨基酸（suān）序列。

7．反翻譯

選（xuǎn）中氨基酸序列片斷，點擊Analyze菜單中的BackTranslate命令，確認（rèn）是“整（zhěng）個序列”還是“僅（jǐn）為選中的序列”後，即可設定簡並度（dù）及組織特異性來完成反翻譯（yì）。

（三）模（mó）擬電泳：

模擬電泳是指對DNA片段進行酶切分析（xī）後，通過電腦模擬（nǐ）電泳過（guò）程，將酶切片段分離。該功能

有利於評估電（diàn）泳時間，便於驗證實際電泳（yǒng）結果（guǒ）的好壞。

1．點擊Gel菜單–CreateNew命令：出現GelSetup對話框，首（shǒu）先選擇電泳介（jiè）質的類型－“AgaroseGel”，以及膠的濃度、電壓、膠長和Buffer種類。

2．點擊OK後即（jí）打開一個電（diàn）泳界麵，左側是對電泳情況的描述，右側則為膠板。

3．首先配（pèi）置一（yī）個Marker：點Gel菜單–CreateGelMarker,出現NewGelMarker對話框,首先輸入Marker的名（míng）稱：pGH-Marker，在GelMarker活頁中輸入自（zì）己（jǐ）設定的片段，100，200，300，400，500，600，1000bp,點擊（jī）確定。

4．樣（yàng）品製備：點Gel菜單–CreateGelSample命（mìng）令出現（xiàn）CreateGelSample對話框，選擇來源分子SSPGH，選中AvaI和SmaI兩個（gè）酶，輸（shū）入Sample的名（míng）稱SSPGH-AS。此時www.17c.com可以（yǐ）把酶（méi）切的片段直接加入到膠上，也可以加入（rù）到（dào）樣品列表中或保存為Marker，www.17c.com點擊AddtoGel，則在膠上出現1號樣品（pǐn）。

5．點Marker到膠中：點擊第二行工具欄中的（de）AddMarkerLane圖標，出（chū）現ChooseDatabaseGelMarker對話框，選中pGH-Marker，點擊OK，則Marker出現在2道（dào）

6．電泳：用鼠標點擊右側窗口激活膠板，點擊第二欄工具欄中的雙（shuāng）箭頭，開始電泳，同時在旁（páng）邊顯示電泳（yǒng）時（shí）間，再次點擊雙箭頭，電泳停止。

7．計（jì）算兩條帶分開時間：選中（zhōng）沒有分開（kāi）的（de）條帶，點工具欄中的計算器CalculateSeperationTime，即可得（dé）到所（suǒ）需信息。

8．導出膠圖：激活膠板，點擊工具欄中的Camera工具,出現Camera對話框,選中需要導出的（de）選項，結果可以到剪貼板，也（yě）可以保存成文件。到剪貼板後就可（kě）以在Word等（děng）文（wén）檔編輯器中粘貼。

vectornti軟（ruǎn）件功能

對（duì）齊顯示設置——ConsensusCalculationTab

一致性序列（liè）是一個理論上（shàng）有代表性的核苷酸序列，其中每（měi）個核苷酸代表在同一位點上（shàng）在同一位點上經（jīng）常看到的殘基，或由其他標準選擇。“對齊設置”對話框中的“一致性計（jì）算”選項卡指定如（rú）何以對齊方式計算對齊（qí）窗格中作為（wéi）底部序列的一致序列。

模擬電泳

模擬（nǐ）電（diàn）泳是指對DNA片段進行（háng）酶切分析後，通過（guò）電腦模擬（nǐ）電泳過程，將酶切片段分離。該功能有利（lì）於評估電泳時間，便於驗證實際電泳結果的好壞。

分析GenomBench

genombench是VectorNTI提前的（de）基因組項目的主力。genombench可以（yǐ）容納一個堿基的基因組片段，可以檢索從兼容（róng）的係統兼（jiān）容（róng）的服務（wù）器上的數據，例如UCSC和Ensembl。它提供（gòng）了瀏（liú）覽和查詢這些網（wǎng）站使用（yòng）關鍵詞，界麵兩（liǎng）側標記，BLAT(UCSC數（shù）據庫)或（huò）SSAHA(的)。genombench還提供以下先進的搜索和分析工具，它是運行在分析監控

以點擊作為特（tè）征輸出查詢分子（zǐ）

當（dāng）您導出查（chá）詢顯示為特征的分子打成。GFF文件，使用（yòng）點擊功能（néng）GFF文件命令導出查詢分子保存。GFF文件到外部位置(硬盤（pán）、軟盤、網（wǎng）絡等（děng）)。你可以打開一個。在一個VectorNTI分子（zǐ）視窗GFF文件（jiàn）並將其保存到VectorNTI數據庫，如果需要的話。。GFF文（wén）件（jiàn）提供一（yī）個共享查詢爆破方法（fǎ）打（dǎ）信息與其他VectorNTI用戶分子格式。

對分子（zǐ）序（xù）列的操作

www.17c.com以一個DNA序列為（wéi）例，進行一係列（liè）的（de）常規分（fèn）析;最後（hòu）將此DNA序列（liè）翻譯（yì）成氨基酸序列，並對此氨基酸序（xù）列進行各（gè）種分析。

vectornti是（shì）一款非常專業的軟件，對各類生（shēng）物元素分析（xī），在序列對比、蛋（dàn）白質研（yán）究、基因分（fèn）析等方麵也是可以使用的，通（tōng）過掌控數據參數的方式讓分子不斷進化（huà），從而對未來的生物數據進行預測和判斷分析。

vectornti軟件安裝說明

程序安裝結束後會在安（ān）裝目錄下生成兩個文（wén）件夾（jiá），invitrigen和vectorNTI。將補丁文件（jiàn）拷貝到invitrigen文件夾下麵，運行補丁程序。足球大小球